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康熙十八年，刘国轩、吴淑、何佑等占据郭塘欧溪头，准备毁断江东桥以攻取长泰。
姚启圣偕赉塔、杨捷及巡抚吴兴祚协力追歼，大败郑锦军队，先后招降官吏400余名、士兵14000余人。
五月，刘国轩、吴淑等率万余人谋夺江东桥、榴山寨，姚启圣同赉塔、石调声击败之，至太平桥、潮沟，杀敌千余。
康熙十九年二月，姚启圣与赉塔、杨捷、石调声督兵攻复海澄县，提督万正色攻克海坛，姚启圣同赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破敌19寨。
另派遣军队渡海，攻下金门、厦门，招降伪将军朱天贵、杨彪等。叙恢复长泰等县功，进封兵部尚书、太子太保。
康熙二十年四月，左都御史徐元文上疏参劾姚启圣：
“姚启圣自为香山知县，秽迹彰闻，革职提问，永不叙用。祗以逆孽变乱，孑身戎行，遂冒军功，骤致节钺，正当殚力竭忠以报恩遇。不谓素性乖张，举措轻妄，以虚词为实事，以乾没为己赀，其言欺罔无据，其心险侧不平。
臣请略举数端有大可骇者：大臣官员侵占民利，煌煌严禁，而姚启圣前者妄请借司库银十二万两，经营取利，可骇者一。
姚启圣自陈疏，称家无片瓦，而以臣所闻，姚启圣挥霍金钱，不异泥沙，题报军前捐银十五万两有奇，此银不从天降地出，谓非尅军饷、睃民膏，臣不信也，可骇者二；
闽省民困已极，姚启圣不能加意存抚，乃拆毁民居，筑园亭水阁，日役千人舞女、歌儿充实房闼，又强娶长泰县乡绅戴玑孙女为妾，委其兄戴法署教官，物议沸腾，可骇者三；
海坛进师，姚启圣力为阻挠，一则曰不敢轻举丧师辱国，一则曰不敢以封疆为儿戏，及恢复海坛，继取金门、厦门，又言当直取台湾，其始则欲养寇，其继又欲穷兵，可骇者四；
姚启圣有卒数万，与海坛万余之贼相持三载，不能成功，乃欲令水师提督统新降之众，远涉波涛，以图万一之侥幸，继因词穷理屈，即自请出师，漫无布置，始为是语以塞人言，可骇者五；
吴兴祚、万正色平海奏功，姚启圣心怀惭妒，跪向侍郎温岱云万正色密遣人与伪都督朱天贵约定投诚，随让海坛而去，其言尤为不根，海坛贼遁之後，朱天贵尚尔狂逞，姚启圣疏云厦门虽恢复而朱天贵实为後患，则所云让去者显系妄造，臣不知姚启圣何心，与驱除海逆者作难如此，可骇者六；
总督封疆大吏，乃因欲行谗谮，长跪部臣之前，失大臣体，可骇者七；
兵部据姚启圣之言，以为吴兴祚等冒滥军功，赖皇上圣明，洞见万里，令即行议叙，自此劳臣吐气，人心莫不鼓舞。克海贼者既有功，则妒功者自应有罪。
总之，姚启圣恣睢放诞、险诈欺诬，委以岩疆，甚非八闽苍生之福，乞勅部确察严议，以为人臣谲诈行私者戒。”
康熙二十一年二月，姚启圣因攻克海澄、金门、厦门之功，被授予世袭骑都尉，加一云骑尉。
当时郑经已死，其子郑克塽袭位，称延平王，凡事皆决之刘国轩等，表示愿意对清称臣进贡，不剃发登岸如琉球、高丽那样。姚启圣上奏，康熙帝不许，命水师提督施琅攻取台湾。
康熙二十二年六月，施琅取澎湖。八月，姚启圣至澎湖经理粮饷，施琅攻克台湾，郑克塽、刘国轩等人皆降，姚启圣还兵福州。
疏入，命姚启圣回奏，不久姚启圣奏言：
“臣于康熙十七年十月，进兵至凤皇山，因一时投诚者甚多，犒赏不继，与抚臣吴兴祚议及外省贸易颇有微息，前督臣李率泰、经略臣洪承畴曾借帑为之，遂冒昧上疏未蒙俞，允臣等虽因公起见，然不应以细事上渎宸聪。
臣自入任京中，未有产业，而军前捐银十五万有奇者，香山革职后贸易七年，颇积微赀。并臣浙江祖业变价，及亲朋借贷经年累月，而后有此数。
臣视师漳南於康熙十七年七月，巡边至省，见总督衙门被耿精忠屯兵居住，以致拆毁倒塌。臣因捐赀修整，每日所用匠夫不过数十名，各给口粮，工价栅外。
有员役搭盖小房，令其自行拆去。至臣妾数人，俱有子女，年已老大，并无歌儿舞女。强娶戴玑孙女更无其事，教官戴法乃前督臣郎廷佐批委者，臣到任时，戴法已署事八月矣。
康熙十八年十一月，臣有密陈进剿机宜清字一疏，请水陆各分五路进兵，内称转盼来春。南风一起，船只难行，又须坐守一年，徒费钱粮。
臣彼时尚尔踊跃，岂至次年辄肯迟滞，且抚臣一经拜疏出师，臣即会同将军杨捷亲领官兵进攻乌屿、海仓并十九寨，上下夹攻，以分贼势。
至得厦门之后，即攻台湾，臣先於十八年九月有密陈一统规模清字一疏云，前得厦门弃而不守，亦不再攻台湾，将船只尽毁，以致海贼复起。
我兵无船可用，今托皇上洪福，如得厦门之后，即进剿台湾，不难破卯覆巢。是臣欲攻台湾始终如一，非既得厦门，方请直取台湾也。
又十七年九月，臣等大败海贼於蜈蚣山，实因兵单不能分取海澄、观音山等处。至十月中，催各路官兵到漳，而贼已深沟高垒矣，平南将军臣赉塔、抚臣吴兴祚、提臣杨捷及臣等会商，若止於陆路进兵，断难必胜决，须水陆夹攻，臣百端筹画，不敢轻举遗误封疆
。审有可取之机，方敢上疏自请督师，非姑为是言也。侍郎臣温岱入奏之言，臣得之朱天贵，天贵六月到漳招抚投诚之说，天贵言之，而後臣知之。
总之，抚臣、提臣拜疏出师，则平贼之首功已定，臣何所容其惭妒乎？温岱曾云总督、提督俱要和衷，臣因望阙跪，誓不肯负恩，岂跪部臣乎？
臣任闽三载虽无妒功之心，实有溺职之罪，伏祈勅部严加议处，另简贤能，庶臣心安而臣心白矣。”
康熙二十二年十一月，姚启圣还兵福州不久背部旧疾复发，很快病故，终年六十。
康熙二十三年九月，朝廷商议姚启圣修造船舶、军械虚报帑金四万七千两有奇，应予追缴。康熙念姚启圣生前劳苦，免于追缴。