这场因为各方天时、人为等因素而造成的水患对整个北京城的损害还是相当巨大的。即便是大水退去之后，城里的情况也没有太大的好转。为此，朝廷官府动用了大量的人力物力重新修缮河堤，为百姓重整家园，直到时间进入到腊月之后，这一切总算稍微好转了些。
不过对朝廷来说，即便暂时安顿了那些受灾百姓——不少人被安排住进了潭柘寺等京城周围的寺庙之中，虽然河道已然重新整顿，河堤也重新立了起来，看似一切都恢复到了原来的模样，但这次的水患的处置事宜却并未就此结束。
待永定河终于重回正轨之后，以工部尚书郭朝宾为首的一批责任官员的处置也就随之而出。毕竟这次的灾祸多半因郭朝宾他们的判断而起，要不是他们错判地形，将河闸定在那边，永定河水也不至于倒灌京城，这罪名即便他们在灾后全力补过，那也是无法弥补的。
于是乎，在腊月初九朝廷就发下明旨，夺去工部尚书郭朝宾的一切出身官职，将其发配边疆以赎前罪。念其多年来为朝廷也立下过不少功劳，其家眷妻儿可以免罪，直接发回老家，也不抄没家产。另外，本来在此事上还有另一个主要责任人工部侍郎翁汝达也要严惩，但因为他在开闸后便落水而死，便不再追究。
至于工部其他一些责任官员，也都受到了不小的惩戒，或罚俸或停职，直把整个工部衙门闹得人心惶惶，人人自危。
当然，有遭殃的自然也有得利的。这其中，杨晨便是整个工部衙门里最终的获利之人。在这次灾难里，他表现出了叫人惊讶的预判能力，更几次向郭朝宾据理力争，奈何上司一意孤行刚愎自用，这才酿成了如此惨剧。但这却并不能掩盖其在水利方面的见识和能力。
另外，在之后的善后以及安抚工作里，被张居正钦点的杨晨也是尽心竭力，尽最大可能地把京城局面安稳下来，得到了百姓的一致好评，也得到了同僚下属的尊敬。于是在这场水患完结之后，杨晨便也得到了来自朝廷方面的重赏。虽然现在阶段，他依然只是工部的小小主事，但据知情人所说，朝廷已有意在新年之后将杨晨破格提拔为员外郎，主理大明的水利之事了。
除了这些明发天下，或已传得到处皆知的消息外，在常人所看不到的暗地里，因为这场水灾也发生了一些不一样的变化。
比如东厂方面，在此事后，就有十多名番子和两名百户、一名千户失去了踪迹。据说他们是被冯公公亲自下令给除掉的，而且用的还是最叫人心寒的闷杀。而且经此一事后，东厂本就有些颓丧的气焰就更是一落千丈，至少一段时日里，就连街上都见不到灰衣白靴的番子们的踪影了。
与之相对的，是锦衣卫在这段时日里的存在感却比过去更强。在东厂退缩的时候，他们迅速填补了这一空缺，身着红色公服的锦衣卫已渐渐取代了东厂在民间的势力，成为京城几个帮会着力巴结的对象。
如此一来，锦衣卫的势力那更是水涨船高，原来门庭冷落的杨震家门前，也总有满当当的车马停驻，那是希望与他搞好关系的官场中人和民间有头有脸的人物的座驾。
对此，杨震的态度是既不得罪，也不过分接近，只是派出手下的几名文职官员与这些人见见面说说话，至于他们送来的礼物他也是一概退回，这就让杨震这个独特的锦衣卫头领的名声更响。
而随着工部的杨晨原来是杨震兄长这一消息传出之后，无论百姓还是官员对这两兄弟就更是高看几眼，许多人都在说杨家兄弟将是大明少有的才德兼备之人了。
对于这样的盛赞，杨晨倒是颇有些高兴的，毕竟他身上已沾染上了这个时代的士大夫重名更甚于重利的价值观。但杨震却很有些不以为然：“大哥为官有些好名声总是好事，可我这个锦衣卫镇抚，搞的是监视与密探工作，居然也有这么大名气，可就未必是好事了。”
对此，沈言这个已成为杨震心腹的幕僚也大表赞同：“是啊。咱们锦衣卫办事讲究个隐秘。若是大人你名声太响，甚至闹得满城皆知，那今后咱们再想做什么可就不那么方便了。”
话虽然是这么说的，但在这个锦衣卫与东厂完全处于对立状态，甚至可以说是势不两立的情况下，一些事情却还是得照着既定方案走的。
在几次压制东厂得手，这回更是重创东厂骨干，甚至差点连冯保都被牵连进去后，杨震知道双方已到了不死不休的局面。别看最近东厂显得很老实，让出了大量地盘，但他很清楚，这只是对方在筹措最后反扑前的收缩而已，一旦自己稍有不慎，就可能反过来被他们反击得手。所以若要保持，甚至是扩大现在的战果，就必须趁胜追击。
至于怎么追击，就得照着沈言之前所给出的策略那般行事了——通过翻查过往东厂所犯下的罪行来继续削减其羽翼。以东厂曾经只手遮天的权势，以及那些家伙的恶劣品质，想必他们是没少作奸犯科的。
可这事必须尽量做到隐蔽才是，若是叫东厂方面提早就察觉到了锦衣卫的目的，只怕他们就会做出相应的准备与对策，杨震再想借机打击他们可就太难了。而现在这个情况，就显然很不利于锦衣卫做这些。
“想不到这虚名也有拖累人的时候，早知如此，当时我就该尽量低调行事的。”杨震在得知就连镇抚司衙门外面都有些胆子大的家伙来搅扰后，忍不住就苦笑着摇头叹息起来。
“其实大人你也不必太过担心，虽然这事对我们眼下来说确实不是太好，但从长远来看，却是件好事。”到了这个时候，沈言也只能如此安慰杨震了：“毕竟咱们锦衣卫的名声一向不怎么样，但大人你却博得了个好名声，对我们今后行事可就能带来诸多便利了。”
“我这个人最是现实，在眼前的问题都还没解决之前，又怎么可能去在意那些看不到的将来呢？”杨震苦笑着道：“不过有一点好处倒是真的，至少我让人去顺天府等衙门查看与东厂相关的案子时，他们是不敢再作阻挠了。”
“大人，下官还有一个看法。”沈言突然又道。
“哦？你且说来听听。”
“咱们做这个必须尽量瞒着东厂那边。虽然他们最近显得很是老实低调，看似不理外间之事，但也难保他们不会在暗地里监视咱们。”
“唔，你说的在理！”杨震眉毛一挑，很以为然地连连点头：“我会嘱咐兄弟们小心行事的，尽量不露什么破绽，免得叫他们有所察觉。”
“这只是其中一个办法，但我以为除此之外，咱们还可以再做点障眼法。”沈言突然一笑道。
“障眼法？”杨震眯起了眼睛来，若有所思地反问了一句。
“其实东厂那些人也知道咱们不会轻易收手，要是我们这段时间里偃旗息鼓，反倒会被他们看出问题来。所以我的意思是，索性就做个样子，摆明了车马让他们看到我们要继续和他们为难。比如，派出一些人手监视东厂那边，以及像赵无伤这样的东厂要人。如此，他们的注意力也就会落到这些兄弟身上，从而忽略了我们另一边的动作。”沈言道出了自己的意思。
杨震略作思忖之后，便拍案叫好道：“好！这确实是个妙计，而且这路疑兵说不定也能查出什么事情来。另外，我早有心练练现在那些密探了，正好拿他东厂做个目标！真可谓是一举三得了，好！”
见杨震不但采纳了自己的建议，而且还如此大加赞赏，沈言心下自然大为高兴，赶紧一抱拳谢过。
于是，就在万历五年的腊月，这个随着水灾过去，北京城里的百姓们都开始着手准备过年——虽然许多人家都遭了灾，但一年到头忙碌吃苦下来，总得有个放松欢庆的日子，这个年总是要过的，而且大家都希望能过好，以冲去过去一年的晦气——的时候，京城里东厂和锦衣卫之间的明争暗斗已彻底上升到了一个新的层次。
不知是因为锦衣卫那些探子眼线的伪装藏匿功夫太差，还是东厂方面的人眼力太好，只是区区几天，这些跟踪、潜伏、窥探的锦衣卫人手就已被东厂的人给一一看破。
当得知这一情况下，东厂里的许多人都有些坐不住了，纷纷跟赵无伤等珰头请命，允许他们这些兄弟予以回击。不然再这么被锦衣卫欺负到头上的话，大家的日子可就没法过了。
当赵无伤把这一情况禀报到冯保那边时，冯公公也终于忍耐不住了：“杨震，你实在是欺人太甚。不给你点厉害瞧瞧，你还真以为我们东厂拿你没办法了！吩咐下去，找准机会，好好地教训一下那些混账东西！”