植物数量之多反映了日本气候的多样性，成为自北向南绵延约3000千米（1864英里）的日本群岛的一大特色。最显著的气候特征是温差很大，降水量充沛，这些都为植物的茂盛生长提供了有利条件。
日本的植物主要分布在以下五个区域，所有这些区域均处于东亚温度带: （1）亚热带，包括琉球群岛和小笠原群岛；（2）常绿阔叶林的温带，覆盖本州南部、四国和九州的绝大部分地区。典型树种为柯树（shii） 和青冈栎（kashi），二者均属橡树科；（3） 落叶阔叶林的寒温带，覆盖本州中部和北部以及北海道的东南部，这里生长着日本的山毛榉树及其他普通树种；（4） 亚高山带，包括北海道的中部和北部。典型的植物有冷杉（Sakhalan）和虾夷云杉（Yesso）；（5） 高山带，位于本州中部高地以及北海道中部，典型植物有高山植物，如驹草 （komakusa） （ 荷色牡丹 （Dicentraperegrina））。
动物资源
日本的大小岛屿上同样也栖息着源于各种不同气候类型的动物：东南亚的热带动物、韩国和中国的温带动物、以及西伯利亚的亚北极动物。
在琉球群岛的热带海洋中生长着大量色彩斑斓的热带珊瑚鱼、海龟和海蛇，这里同时还是儒艮和黑江豚的家园。在本州中部以北的海域，我们还可以看到海狮、海狗以及突吻鲸。北极区的动物，如海象等，有时也会造访北海道面朝鄂霍次克海一侧的海域。
在日本最南端的琉球群岛上，栖息的大多是热带动物，如冠状蛇鹰、狐蝠和变色龙等。在本州、四国和九州本土岛屿上，徜徉着狸猫（tanuki）、梅花鹿和鸳鸯，他们来自韩国的落叶林以及中国的中部和北部地区。灰熊、花尾榛雏以及普通蜥蜴来自西伯利亚的针叶林。动物的分布缺乏延续性，是历史上日本的岛屿与亚洲大陆多次分离又多次结合，使动物的迁徙变得异常复杂的结果。
在这些动物品种中，有些是日本当地所特有的，如日本睡鼠、日本短尾猿、白腹锦鸡、日本娃娃鱼，以及原始蜻蜓。一些学者认为，琉球群岛与亚洲大陆分离的年代要比日本本土早得多，在这些岛屿上同样生长着蚁鴷和奄美刺猬。本州北端的下北半岛是世界上所有类人猿最北的栖息地。
在海洋深处，人们可以发现鲎、钟螺、皱鳃鲨等一些动物的活化石。还有一些其他的日本水生动物，如大蜘蛛蟹（世界上最大的甲壳类动物）以及生活在淡水中的日本娃娃鱼（地球上最大的两栖动物，据说其寿命可达近50年）。
行政区划
区划详情
日本的都、道、府、县是平行的一级行政区，直属中央政府，但各都、道、府、县都拥有自治权。全国分为1都（东京都：Tokyo）、1道（北海道：Hokkaido），2府（大阪府：Osaka、京都府：Kyoto）和43个县（省），下设市、町、村。其办事机构称为“厅”，即“都厅”、“道厅”、“府厅”、“县厅”，行政长官称为“知事”。每个都、道、府、县下设若干个市、町（相当于中国的镇）、村。其办事机构称“役所”，即“市役所”、“町役所”、“村役所”，行政长官称为“市长”、“町长”、“村长”。
北海道地方：北海道（ほっかいどう）
东北地方（とうほくちほう）：青森（あおもり）岩手（いわて）宫城（みやぎ）秋田（あきた）山形（やまがた）福岛（ふくしま）
关东地方（かんとうちほう）：茨城（いばらき）栃木（とちぎ）群马（ぐんま）埼玉（さいたま）千叶（ちば）神奈川（かながわ）东京都（とうきょうと）
中部地方（ちゅうぶちほう）：新泻（にいがた）富山（とやま）石川（いしかわ）福井（ふくい）山梨（やまなし）长野（ながの）岐阜（ぎふ）静冈（しずおか）爱知（あいち）
近畿地方（きんきちほう）：三重（みえ）滋贺（しが）京都府（きょうとふ）大阪府（おおさかふ）兵库（ひょうご）奈良（なら）和歌山（わかやま）
中国四国地方（ちゅうごくしこくちほう）：鸟取（とっとり）岛根（しまね）冈山（おかやま）广岛（ひろしま）山口（やまぐち）徳岛（とくしま）香川（かがわ）爱媛（えひめ）高知（こうち）
九州地方（きゅうしゅうちほう）：福冈（ふくおか）佐贺（さが）长崎（ながさき）熊本（くまもと）大分（おおいた）宫崎（みやざき）鹿儿岛（かごしま）冲绳（おきなわ）
2012年1月23日，日本政府正式决定成立复兴厅，以应对东日本大地震。复兴厅的设置期限为震后10年，即2021年3月底。总部设于东京，并在盛冈、仙台和福岛3市设置统筹支部的“复兴局”。
主要城市
东京
东京是日本的政治、经济、文化、教育中心，人口约1394万（截至2021年3月1日），是全球金融中心之一，世界级大都市，大多数日本大公司、外国公司及传媒机构总部都设在此地。东京还因是日本的文化和娱乐中心而闻名，著名的景点有东京塔、银座和浅草等。日本的很多传统活动和节日都在浅草举行，它至今还保留着旧时东京的风貌。东京由东京城区的23个行政区、27个市、5个町（镇）和8个村组成。
大阪
大阪位于本州岛中部，濒临大阪湾，呈南北长条形分布，是西日本地区行政、经济、文化和交通中心。同时也是一个工业中心，尤其是化工、机械、钢铁和金属等行业的中心。