1987年，日本国有铁道（JNR）开始实行铁路私有化并拆分为数个独立的地方铁路公司。在此之前，全国的客运和货运铁路网均由日本国铁负责运营。日本国铁的继承者目前包括JR（日本铁路）集团的六个客运铁路公司，一个货运铁路公司以及若干个附属公司。1988年，日本青函海底隧道贯通，将北部岛屿北海道与本州连为一体，而濑户大桥则实现了本州与四国岛的对接，至此，铁路终于将日本四大岛屿连接在一起。
地铁是日本人日常出行的主要市内交通工具，东京地铁网络发达，拥有13条线路，285座车站，线路总长304.1千米，日均客流量为1040万人次，位居世界城市地铁客流量第一。日本现有十二座城市开通了地铁线路。日本的第一条地铁是1927年开始运营的东京银座线的一段。东京现有13条地铁线，很多地铁线还与市郊铁路线相连，将运营业务拓展到郊区。
新干线
日本新干线是一个高速铁路运营系统，由7条常规线路（东海道新干线、山阳新干线、东北新干线、上越新干线、北陆新干线、九州新干线、北海道新干线）和2条通常被称为“小型新干线”的线路（秋田新干线、山形新干线）组成。
常规线路的列车仅在新干线专用轨道上运行，而“小型新干线”的列车在新干线专用轨道和标准的慢速轨道上均可运行。这样，新干线从本州的最北端青森到九州的最南端鹿儿岛，以最高时速超过300km的速度连接主要城市，作为日本的大动脉，发挥着重要作用。自1973年起，日本就开始计划增设几条其他新干线线路，这些线路的某些路段仍在施工当中。
新干线列车N700S
东海道新干线沿552.6千米的东京新大阪走廊运行，这条线路长期以来一直被视为日本的交通大动脉。该线的列车运行时速最高可达285千米，东京和新大阪之间的最短运行时间现为2小时22分。新干线自1964年投入运营以来，在高速运行、安全性、运输量和准时性方面都保持着非凡的记录。新干线每条路线平均每小时单程最多运行达14列，准确度维持在平均误点0.6-1分钟之内。并且，自开业以来，没有发生过一次列车冲撞、脱轨等死亡事故，在安全方面创立了令人钦佩的记录。
2016年3月26日，北海道新干线开通，日本新干线网由此几乎覆盖北海道至南部九州岛主要岛屿。
空运
日本航空业相当发达。以东京成田和羽田机场以及大阪关西机场为中心，形成四通八达的空运网络。主要航空公司有日本航空公司（JAL）、全日本空输公司（All Nippon Airways Co.，简称“全日空”），年运送旅客约1亿人次，运输货物约220万吨。据日本国土交通省数据，2020年日本各大航空公司国内航线旅客运输量为4674万人次，同比下降56.2%，国内航空货物运输量49.7万吨，同比下降37.3%；国际航线旅客运输量为436万人次，同比下降81.4%，国际航空货物运输量128.2万吨，同比下降11.2%。北京、上海、广州、沈阳、大连、青岛、武汉、重庆等多个中国城市均与日本东京、大阪等机场开通国际航线。
东京羽田机场国际机场
日本旅客流量最大的是位于东京羽田的东京国际机场。东京国际机场通常被称为羽田机场。于1931年启用的羽田机场是日本的首座商业机场，在1978年东京新国际机场启用之前，一直担负着国内和国际航线的运营业务。成田机场正式运营之后，羽田机场成为以国内航线为中心的机场，而2010年第4条跑道开始启用，又充实了国际航线。除了首尔、上海、香港等亚洲城市，还有飞往洛杉矶、纽约和巴黎等欧美主要城市的直达航班。羽田机场也于2010年10月开始全天24小时运营。
东京成田国际机场
新东京国际机场也称成田机场，位于东京以东约66千米（41英里）的地方。成田机场自1978年正式运营以来，作为日本的大门迎接了众多的海外旅客。2009年扩充了跑道，增加了航班。还开通了成田Sky Access特快列车，只需要36分钟便可以抵达东京都中心，越来越方便。
大阪国际机场
大阪国际机场也称伊丹机场。在1994年9月关西国际机场启用前，一直担负着飞往关西地区的大多数国内航班和所有国际航班的业务。现主要用于国内航班起落。
关西国际机场
关西国际机场坐落在大阪湾的人造岛。除了为更多的国际航空运营商提供延伸的业务和进出港服务之外，这座机场还是日本第一家全天24小时营运的航空机构。2016年的起降总数约为177109架。机场配有最新技术的自动控制系统，可以在没有旅客时自动停止空调运转，升降系统可以自动测量下沉情况，在问题发生之前进行修正等。
水运
日本对外贸易主要依靠海运。全国主要港口有神户、横滨、千叶、名古屋、大阪、北九州等。截至2017年12月31日，日本有各类商船5278艘，总吨数达2650.7万吨。因挂靠其他国家可降低成本，许多日本船舶都在其他国家注册。