(七)实行《禁运法案》，刺激民族工业发展。在杰斐逊的第二任期内，英国和法国争夺欧洲霸权和美洲殖民地的斗争日趋激烈。从1804年起，双方都禁止中立国船只与敌对国家进行贸易，企图用封锁的方法，来困死或扼杀对方。法国采取的是封锁欧洲大陆的政策，禁止所有欧洲大陆国家与英国通商。英国则依仗其强大的海军封锁了海洋，不仅禁止欧洲大陆国家与法国通商，而且禁止美国与法国通商，并拦截美国船只，无理捕捉美国水手，从1803到1807年，英国共捕获美国船只500多艘。在这种情况下，为了保障本国船只的航行安全和对抗英法两国的封锁政策，1807年12月22日，杰斐逊政府通过了著名的《禁运法案》，禁止一切美国船只离开国境驶往外国港口进行贸易;禁止某些英国工业品入口。《禁运法案》通过后立即生效，此后接连14个月，所有未去国外的美国船只，都只得停泊港内或仅从事沿岸贸易。《禁运法案》不仅使美国的船只和货物避免被捕获、毁坏，而且还避免了美国卷入国际武装冲突中的危险，维护了美国的独立自主权利。《禁运法案》的实施，使外国、特别是英国的工业品无法进入美国市场，因而刺激了美国工业的发展。过去一些一直从事海上贸易的资本家，纷纷把资本投入国内制造业，当时的美国普遍产生了一种放弃依赖外国货，发展民族工业的奋发精神。禁运期间，美国的毛纺织业、麻纺织业、造纸业、冶铁业等基础工业和其他工业生产迅速发展起来。从前需要从英国进口的货物开始在美国制造。《禁运法案》成为美国工业发展的前驱，但它使一向繁荣的美国海上贸易和航运业受到一定的损失。
(八)采取措施帮助印第安人由狩猎生活转向农耕生活。杰斐逊在任期间曾多次写信给印第安人酋长，劝说他们放弃原始的狩猎生活而从事农业生产。在他的反复劝说下，许多印第安部落放弃了传统的狩猎生活而从事农业生产，这对推动印第安人社会的发展，使其跟上时代发展的步伐非常有利。同时，也使大量用于狩猎的土地开垦成为农田，扩大了美国的农田面积，促进了美国农业的发展，农业的发展，又为工业的发展创造了良好的条件。
军事：
海军紧缩政策
杰斐逊执政第一年大幅度削减海军经费，使海军遭受严重打击:到1801年底，美国海军仅有6艘快速战舰和1艘三桅纵帆式帆船，其余舰船都被拆除武器拍卖，所有在建和计划建造的舰只都成为泡影;仅存的6艘快速战舰也只允许配备2/3的额定人员，其余军官全部退役，特工人员和文职人员都被解雇;建造干船坞和港口工事的工作被放弃。杰斐逊紧缩海军的政策遭到海军内部的强烈抵制，以致他先后物色的4位海军部长人选都拒绝出任这一职务。
此后在同北非海盗国家的战争中，美国政府被迫逐渐增加海军经费，使其由1802年的91.5万美元增加到1805年的140万美元。同时，对北非海盗国家的战争却激发了杰斐逊对炮艇的极大兴趣。在北非地中海沿岸的浅水海域中，炮艇发挥了重要作用，欧洲国家和北非海盗国家也拥有此类舰只，用于海岸和港口防御。当时的公众舆论认为，一支由炮艇组成的舰队能够驱走甚至捕获或击毁敌人的快速战舰。在杰斐逊看来，建造一艘炮艇只需要数千美元，这是很划算的。杰斐逊向国会和海军将领及华盛顿造船厂负责人历数了发展炮艇的种种好处，建议建造200艘炮艇。1803年，国会批准建造15艘炮艇，其中8艘被派往地中海服役，1805年又建造了25艘。1806~1807年期间，新造了238艘。这些炮艇每艘长50英尺、装备1门长炮。大量炮艇和海岸要塞的建造，表明了发展炮艇逐渐成为杰斐逊海军政策的核心，联邦党人发展快速战舰的海军政策被彻底放弃。
对外战争
巴巴里海盗，即从15-16世纪之交开始活动于地中海南岸、非洲北部的musilin海盗。他们开始附庸于奥斯曼土耳其帝国，继而以摩洛哥、阿尔及尔、突尼斯、的黎波里等北非国家为基地，打着伊斯兰圣战旗号，在地中海水域大肆捕捉和贩卖基督徒水手。 在华盛顿以及继任的亚当斯政府时期，美国缺乏足够的资金和海军力量，只能采取“购买和平“的方式，避免巴巴里海盗对美国商船的劫掠。
1801年3月13日，即托马斯·杰斐逊就任总统后的第9天，国务卿詹姆斯·麦迪逊收到了的黎波里统治者尤瑟夫·克拉玛尼(Yusuf Karamanli)帕夏的来信，要求美国每年除例行缴纳贡金2.5万美元外，新增保护费22.5万美元，且需立即缴纳，否则就采取战争行动。面对这一挑衅，杰斐逊决定以战争解决困扰美国多年的海盗问题。3月20日，杰斐逊做出派遣一小股军队前往的黎波里水域保护美国船只和公民安全的决策，并得到了国会授权。根据该年末杰斐逊递交国会的国情咨文，美国军舰到达地中海后，美国贸易面临的危险得以解除，“敌船人员伤亡惨重“，而美方“无一损失“。
1802年2月，国会授权总统全权决定是否把海军用于“进攻行动“。1803年2月，国会决定拨款建造4艘适于内河作战的浅水军舰，武器设计用于轰击海岸。到1803年，美国最好的军舰，“阿格斯“号、“切萨皮克“号、“星座“号、“宪法“号、“企业“号、“无畏“号、“费城“号和“妖女“号均驶入地中海，封锁了北非港口，并执行了一系列突袭和攻城的行动。