西辽时期
西辽（1124年-1218年）是契丹人耶律大石建立的国家，后扩张到中亚，首都虎思斡鲁朵（今吉尔吉斯斯坦托克玛克附近的布拉纳城），一时成为中亚强国。1218年被成吉思汗的蒙古军队灭亡。西辽旧地在1222年被成吉思汗分给次子察合台，察合台汗国后来形成中亚广泛使用的察合台语（后发展为维吾尔语和乌兹别克语）。
察合台汗国时期
察合台汗国原为铁木真次子察合台的封地。初领有西辽旧地，包括天山南、北路与裕勒都斯河和玛纳斯河流域及今日阿姆河、锡尔河之间的中亚河中地区（最强时由阿尔泰山至咸海）。初时建都于阿力麻里附近的虎牙思（固尔札），即今日中华人民共和国新疆霍城县水定镇西北。察合台汗国君主都哇与窝阔台汗国君主海都联合，屡与元朝军队争战，终忽必烈一朝未断，并一度攻占漠北哈拉和林。至公元1304年始与海都子察八儿与元成宗讲和。
清朝时期
清高宗乾隆二十二年（1757年）平定准噶尔蒙古后，吉尔吉斯斯坦人被清朝统治。向清朝纳贡的吉尔吉斯斯坦人被称为“布鲁特”分为东西两部，西布鲁特游牧于喀什噶尔北部河西部、叶尔羌西南部；共有四大部落；东布鲁特游牧于乌什、阿克苏西北，伊犁西南，共有五部落。后来清朝衰落，在1864年的《中俄勘分西北界约记》将外西北割让给俄罗斯帝国，因为人随地归，吉尔吉斯斯坦人从此被俄国统治（一部分因为被准噶尔汗国裹胁叛乱被乾隆帝送交黑龙江富裕县）。
18世纪，今日的吉尔吉斯斯坦地区分别是准噶尔蒙古（北部）及浩罕汗国（南部）的势力范围。19世纪20年代，浩罕势力扩张，整个吉尔吉斯斯坦地区都成为了浩罕汗国的一部分。
俄罗斯帝国时期
1854年，俄国着手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯斯坦地区都落入了俄国的手里。俄国的统治，引发不少反抗，亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，同治年间清朝陕甘地区回民暴乱，失败后的回民北迁至今日楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。
1916年，俄国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯斯坦人从中亚迁徙至新疆。
苏联时期
1922年，苏联成立时归属突厥斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1924年，中亚地区实行民族划界，今日的吉尔吉斯斯坦建立起卡拉吉尔吉斯斯坦自治州，成为俄罗斯联邦的一分子。1925年正名为吉尔吉斯斯坦自治州，到1926年又再升格为吉尔吉斯斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1936年12月5日，吉尔吉斯斯坦苏维埃社会主义共和国正式成立，成为苏联的联邦成员。
独立之后
1990年代初期，由共产党中改革派组成的吉尔吉斯斯坦minzhuyundong（Democratic Movement Kyrgyzstan, DMK）与奥什爆发的族群冲突，造成吉尔吉斯斯坦共产党第一书记阿布萨马特·马萨利耶夫失去人民与议会的信任，各方势力妥协后，吉尔吉斯斯坦科学院的院长阿卡耶夫，在1990年10月直选中以95%高得票率当选独立后的第一任总统。
1991年8月19日，该共和国紧急状态委员会（SCSE）借助莫斯科方面的力量，尝试罢免总统阿卡耶夫。计划失败后一个星期，阿卡耶夫和副总统库兹涅托夫宣布退出苏联共产党，辞去书记一职，并将整个政府机构解散。受其影响，紧接着在8月31日的最高苏维埃议会投票中宣布脱离苏联独立，改国名为吉尔吉斯斯坦共和国。1993年5月5日，又改名为吉尔吉斯共和国。
阿卡耶夫独裁
1993年宪法定义政府体制为一民主共和制的共和国。行政部门包括总统和总理，国会为两院制，司法部门包括最高法院、宪法法庭、地方法院和检察总长。
随着经济恶化，从1994年中期开始，阿卡耶夫逐渐转向威权统治。接着数年，在与议会的冲突中，阿卡耶夫透过公民投票直接寻求民意支持，分别在1996年2月与1998年10月修宪，以扩大总统权力、修改选举规则。
2002年3月发生在南部阿赫昔区六名抗议任意拘捕反对党政治人物的民众遭警察射杀的事件，引发了全国性抗议。在民间社团和反对党代表的参与之下，阿卡耶夫总统启动了宪法改革进程。此进程最初有政府、民间、和社会代表的广大参与和开放对话，产生了2003年2月投票过程有缺失的公民投票。公民投票通过的宪法修正案导致了总统扩权和国会与宪法法庭弱化。根据新宪法，在2005年的国会选举之后，原先的两院制国会将成为75席的单院国会。
过渡政府领导人正在发展新的治理结构并着手解决重要的宪法争议。国家团结委员会宣布，六月将举行总统选举，而在其三个月之后将举行国会选举。
郁金香革命
2005年吉尔吉斯斯坦政局动荡，针对议会第二轮选举中的舞弊行为，陆续有示威活动，其诉求演变为要求政府辞职。3月24日，上万反对者聚及在比什凯克要求总统以及他的政府辞职，亦即是“郁金香革命”。总统阿卡耶夫先逃到哈萨克斯坦，最后到达莫斯科。3月28日，吉尔吉斯斯坦新一届议会选举出反对派领导人、前总理巴基耶夫为政府总理，并代行总统的职责。当时在莫斯科的总统阿卡耶夫于4月4日辞职。
在2005年7月10日的总统大选中，巴基耶夫以压倒性的89.4%票数成功当选总统，并于8月14日宣誓就任。