征服和殖民时期
阿塔瓦尔帕是最后一位印加国王，他在他父王Huayna Capac去世后引发的内战中击败并处决了他的同父异母兄弟Huáscar而成为新国王。1532年12 月，一群西班牙征服者（Chankas 、Huancas 、Cañaris和Chachapoyasas Indian auxiliary)率领的殖民军在卡哈马卡战役中打败并俘虏了印加国王阿塔瓦尔帕。征服秘鲁是西班牙殖民美洲最重要的标志性事件之一。经过多年的探索和战争，以西班牙人的胜利和该地区的殖民化告终。1572年，西班牙人在比尔卡班巴( Vilcabamba)消灭了新印加国，最后一次印加抵抗运动被镇压。
由于西班牙人引入的流行病以及残酷的剥削，土著印第安人口急剧减少。总督弗朗西斯科·德·托莱多 ( Francisco de Toledo)于1570年代重组国家，以金银开采为主要经济活动，美洲印第安人被迫作为其主要劳动力。随着在波托西（今玻利维亚）和万卡维利卡发现大量银矿和金矿，总督辖区作为重要的矿产资源提供者而蓬勃发展。秘鲁金条为西班牙王室带来了丰厚的收入并推动了复杂的贸易网络远达欧洲和菲律宾。巴拿马总督唐·塞巴斯蒂安·乌尔塔多·德科尔库埃拉( Don Sebastian Hurtado de Corcuera)还负责管理菲律宾的三宝颜市，该市的秘鲁士兵和殖民者讲西班牙语和克里奥尔语。由于缺乏可用的劳动力，非洲奴隶被添加到劳动力人口中。殖民地行政机构和官僚机构的扩张与经济重组同步进行。随着基督教在南美洲的传播，只经过一代人的时间，大多数印第安人都被迫皈依了天主教。西班牙人在每个城市都建造了教堂，并用教堂取代了印加神庙，例如库斯科市的Coricancha。基督天主教会雇用了宗教裁判所，利用酷刑来确保新皈依的天主教徒不改信其他宗教。秘鲁天主教遵循许多拉丁美洲国家的混合主义，其中宗教本土仪式与基督教庆祝活动相结合。在接下来的时间里，基督天主教会开始在当地人的文化生活中发挥重要作用，当地人逐渐融入西班牙人的文化圈里。
18世纪，白银产量下降和经济多元化大大减少了西班牙王室收入。作为回应，王室颁布了波旁改革，这是一系列增加税收和划分总督辖区的法令。新法律激起了图帕克·阿马鲁二世(Túpac Amaru II) 起义，但被镇压了。西班牙人和他们的克里奥尔继承人开始垄断对这片土地的控制权，他们夺取了许多因当地人口大量减少而遗弃的肥沃土地。然而，西班牙人并没有反抗巴西葡萄牙人横跨子午线的扩张。托尔德西利亚斯条约在1580 年至1640 年间变得毫无意义。
西班牙为了简化当地贸易，秘鲁总督辖区开始分裂，最后以牺牲秘鲁总督辖区的领土为代价的新格拉纳达和拉普拉塔河总督辖区建立。这削弱了利马作为总督首府的权力、声望和重要性，并将利润丰厚的安第斯山脉贸易转移到布宜诺斯艾利斯和波哥大，而采矿和纺织生产的衰落加速了秘鲁总督辖区的衰落。
最终，当19世纪初民族独立运动爆发时，秘鲁总督辖区很快就解体了，西班牙的绝大部分其他海外殖民地也纷纷独立。这些民族独立运动导致南美洲大多数现代国家的形成。征服和殖民带来了西班牙人征服秘鲁领土之前不存在的文明和种族的融合。 尽管印加文明已经消失，但新的文明正在展现，这就是多民族融合的秘鲁文明。秘鲁最重要的两次印第安土著叛乱是1742 年胡安·桑托斯·阿塔瓦尔帕 (Juan Santos Atahualpa) 大起义和1780年库斯科高地附近的图帕克·阿马鲁二世( Túpac Amaru II )大起义。
独立
19世纪初，当大多数南美洲国家被独立战争席卷时，秘鲁仍然是保皇党的据点。由于精英阶层在独立和忠于西班牙君主制之间摇摆不定，只有何塞·德·圣马丁和西蒙·玻利瓦尔坚持独立运动。
经济危机、西班牙在欧洲的权力丧失、北美的独立战争和土著起义都为南美洲克里奥洛人的解放思想创造了有利的环境。 然而，秘鲁的克里奥尔寡头却享有特权并一直忠于西班牙王室。 由于西班牙政府失去对其殖民地的权威，独立运动始于阿根廷，自治军政府成立。
在争取拉普拉塔总督辖区的独立后，何塞·德·圣马丁创建了安第斯军队，并在21天内渡过了安第斯山脉。一到智利，他就与智利陆军将军贝尔纳多·奥希金斯联手，并于1818 年在查卡布科和迈普战役中解放了该国。1820年9 月7 日，一支由八艘军舰组成的舰队在何塞·德·圣马丁将军和在智利海军服役的托马斯·科克伦将军的指挥下抵达帕拉卡斯港。10月26日，他们立即控制了皮斯科镇。 圣马丁于11月12 日在瓦乔定居，在那里他建立了总部，而科克伦则向北航行并封锁了利马的卡亚俄港。与此同时，在北部，瓜亚基尔被格雷戈里奥·埃斯科韦多指挥的叛军占领。因为秘鲁是作为西班牙政府在南美洲的大本营，圣马丁解放秘鲁的策略是通过外交手段。他派代表前往利马，敦促总督授予秘鲁独立，但所有谈判均以失败告终。