1980年代，南联邦内长期累积的各种弊端接连爆发，不但先后遭逢严重的经济危机和科索沃动乱，80年代末又发生了东欧民主化革命，两者塞克两民族各持不同态度应对，克罗地亚要求独立作主、脱离联邦，并采取了撤回联邦军队的部分克人、停缴政府预算、示威等行动，而塞尔维亚则提倡维持联邦的统一性，要求联邦收回下放给各共和国的权力。政府则自威望崇高的铁托于1980年5月4日去世后，对局势逐渐丧失了控制力。1990年1月，南联邦执政党“南斯拉夫共产主义者联盟”召开会议，克罗地亚正式要求重组联邦，将政体改为一个各共和国间更为松散的联邦，但遭到塞尔维亚、黑山、马其顿的反对，克国代表因而宣布无限期退出代表大会。同年，克罗地亚举行了首次的多党选举（英语：Croatian parliamentary election, 1990），强硬主张独立的弗拉尼奥·图季曼获胜，更加提高了局势的紧张。克国境内的塞尔维亚人（英语：Serbs of Croatia）认为自己将沦为同当年二次大战的乌斯塔沙迫害的对象，因而选择离开克国议会，宣称将自组“塞尔维亚克拉伊纳共和国”、脱离克罗地亚而独立。1991年6月，克罗地亚正式宣布从南联邦独立（英语：Independence of Croatia），其法律效力自同年10月8日起生效。
独立宣言后，南斯拉夫人民军及塞族的准军事部队与克国部队的武装冲突逐渐升级，最终在1991年末引爆了克罗地亚的独立战争，战争爆发后，克罗地亚当局控制的实际领土仅原有的三分之二。1992年1月15日，克国的独立得到欧洲经济共同体的承认，随后联合国也于1992年5月22日接納克国为成员国。在联合国调停介入下，克国境内的战事逐渐平息，但克罗地亚政府与塞族独立政权的问题一直无法解决。为了巩固独立成果与结束战争，克军动员10万大军于1995年8月发动“风暴作战”，迅速瓦解了“塞尔维亚克拉伊纳共和国”政权，结束其境内的军事对抗。1995年11月，克国与塞族政权签订《阿尔杜特协议（英语：Erdut Agreement）》，年底又签订《代顿协议》结束与联邦军在原南斯拉夫其他地区的战事，收复大部分的失地。1998年1月15日，联合国驻克罗地亚行政当局将权力正式移交克国政府，克罗地亚正式完成了全国统一。
独立战争结束后，图季曼以将克国建设成现代化欧洲国家为目标展开转型，包括与前南斯拉夫共和国关系逐步正常化、争取加入北大西洋公约组织和欧洲联盟、权力融入中欧的经济和文明体制，却遭逢一系列的障碍，不仅在私有化过程有大量腐败案件，又受到外国金融危机和科索沃战争的影响，国内经济大幅衰退，在国际上也呈现半孤立状态，人民因而对执政长达十年的“克罗地亚民主联盟”渐感失望。1999年12月10日，图季曼因病去世，克罗地亚民主联盟的时代已跟着结束。
2000年初，克国成立了由斯捷潘·梅西奇总统与伊维查·拉昌（英语：Ivica Račan）总理为首的中间偏左新政权。梅西奇承袭图季曼的外交政策，并于2000年11月30日加入了世界贸易组织，但在国内进行大刀阔斧的改革，严查贪污腐败、消除官僚主义、解决失业问题，提供外国一个安全可靠的投资环境，克罗地亚的经济因而快速成长，于2002年增长率达5.2％，为欧洲国家中速度最快的一个。
地理环境
位置境域
克罗地亚位于中欧的东南边缘，巴尔干半岛的西北，亚得里亚海东岸。隔亚得里亚海与意大利相望，北部的邻国是斯洛文尼亚和匈牙利，东面和南面则是塞尔维亚与波黑。 总面积56594平方公里。
气候
克罗地亚北部为温带大陆性气候，四季分明，夏季温和，7月份平均气温18~22℃，冬季寒冷，气温低于0℃；中部和中南部为高原山地气候，夏季凉爽，气温不超过18°C，冬季严寒且降雪频繁，平均气温低于零下2℃；南部和西南部海岸为地中海式气候，夏季炎热干燥，平均气温超过22℃，冬季温和多雨，气温在0℃以上。
地形
克罗地亚的国土轮廓近似新月形，部分位于阿尔卑斯山区和亚得里亚海沿岸，但大部分的国土属于乌纳河（Una）、库帕河（Kupa）、萨瓦河（Sava）、德拉瓦河（Drava）和多瑙河（Danube）之间的潘诺尼亚（Panonija）平原，因此，可分成三个地理区域：平原、山区和沿海区。
克罗地亚西北和中部是从西北向东南延伸的迪纳拉山脉（Dinara）前半段，克罗地亚大部分的土地海拔都超过了500米，海拔超过1000米的山峰共有22座，但没有超过2000米的山峰，最高的迪纳拉山峰海拔1831米。这里人口稀少，以林牧业为主，该地区地质构造非常复杂，地形十分崎岖，是世界上最著名的岩溶（又称喀斯特）区之一。
水文
克罗地亚北部和东北部是克罗地亚最大的三条河流——萨瓦河、德拉瓦河和库帕河——流经的平原地区，东部宽广平坦，属潘诺尼亚平原西南部，由斯拉沃尼亚和巴拉尼亚以及中克罗地亚平原组成，其西北部为平缓的丘陵地带。