1380年发生在瑞典的斯堪地那维亚部分的内战也波及到芬兰。1389年，内战的胜利者玛格丽特一世将瑞典、丹麦、挪威三个王国全都纳入自己的统治之下，此即卡尔马联盟。接下来的130年，瑞典的各个派系试图打破这个联盟。芬兰也卷入了这场纷争，但在15世纪似乎是相对富裕的时期，期间人口增加、经济也有所发展。到了15世纪末，东部边境的情势越来越加紧张。莫斯科大公国占领了诺夫哥罗德，向统一俄罗斯迈进了一步。1495年到1497年，瑞典和俄罗斯发生了战争，维堡的要塞遭到俄罗斯包围，根据当时的传说，该城是由神迹而拯救。
1521年，卡尔马联盟瓦解，瑞典恢复独立，古斯塔夫一世就任瑞典国王。在他主政下，瑞典于1527年接受新教。瑞典的行政体系经历了一场剧烈的改革，使国家的对地方生活的控制力得以加强，当然也能借此征到更多的税。紧接在宗教改革之后，图尔库主教Mikael Agricola出版了他翻译的芬兰语新约。
1550年，古斯塔夫一世建立赫尔辛福（Helsingfors），即后来的赫尔辛基，但两个世纪以来，它仍只是个渔村。
古斯塔夫一世于1560年死后，他的三个儿子接连继位。其中埃里克十四世开启了瑞典的扩张时代，他于1561年将爱沙尼亚的塔林市纳入其保护之下。利沃尼亚战争（1558年—1583年）之后，瑞典一直处于战争或准战争状态达160年之久。在战争的第一阶段，瑞典与丹麦、波兰和俄罗斯抢夺对爱沙尼亚和拉脱维亚的控制权。芬兰人因此饱受战争带来的征兵、重税和军队的骚扰。这造成芬兰人于1596年－1597年的起事，这场叛变以血腥的镇压结束。1595年和俄罗斯签署的Tyavzino条约使瑞典和俄罗斯的边界向东及北方移动，大约就是现今芬兰与俄罗斯的界线。
16世纪的芬兰历史中很重要的部分即是农业聚落人口的成长。国王鼓励农民自Savonia省迁移至芬兰中部的广大荒野。这使得原本居住于此的萨米人被迫离开。而有些荒地则是卡累利亚人的传统渔猎之地。在1580年代，这导致一场芬兰人与卡累利亚人与芬兰人间的血腥游击战，特别是在博滕省。
1611年到1632年间在位的瑞典国王古斯塔夫二世·阿道夫进行了一连串的军事改革，将瑞典军队从原先的农民民兵改造为有效率的战争利器，甚至可能是欧洲最好的一支军队。他完成了对利沃尼亚的占领，还得到了俄罗斯在Stolbova条约中失去的领土。1630年，瑞典和芬兰的军队开进德意志参加三十年战争。芬兰人组成的芬兰轻骑兵即以“Hakkapeliitat”之名著称。
在1648年《威斯特伐利亚和约》签订后，瑞典成为欧洲最强大的国家之一。1637年到1640年和1648年到1654年间，芬兰总督Count Per Brahe伯爵在其任内，推行了一些重要的改革也兴建了许多城市。其措施常被认为有益于芬兰的开发。例如在1640年，芬兰的第一所大学Åbo学院成立于图尔库。芬兰语的圣经全书于也于1642年出版。
但重税和持续的战争及寒冷的气候（小冰期）使这个时期的芬兰农民度过了一段黯淡的时光。在1655年到1660年间的第二次北方战争中，芬兰士兵被调往利沃尼亚、波兰和丹麦作战。瑞典的政治体制也越加趋向君主专制。
瑞典王国于1638年到1655年还握有今日美国的德拉瓦和宾夕凡尼亚地区作为殖民地。其中至少有一半的移民为芬兰裔。
17世纪的芬兰受路德教派思想控制。1608年，摩西的律法倍附加于世俗法律上。各领域事物都必须遵守路德宗的信仰，上教会也变成义务性质，宗教罚则也被广泛运用。这些规定于图尔库主教尤汉·特瑟鲁斯（Johan Terserus）离职后公布，他所写的教义问答于1664年被图尔库皇家学院的神学家宣布为异端。另一方面，路德教派鼓励个人研习圣经，使芬兰第一次尝试推动普及教育。教会要求每位信徒都应该具备阅读路德信仰基本文本的能力。虽然这些规定可能会以背下文本达成，但也使阅读的能力传达到民众之中。
发生于1697年到1699年的一场饥荒夺走了芬兰约30%的人口。
1808年在芬兰战争中，瑞典与俄罗斯交战落败，芬兰被俄罗斯沙皇亚历山大一世的军队占领，此后芬兰脱离瑞典，成为俄罗斯帝国内的自治大公国，并由沙皇兼任大公直到1917年。
1917年12月6日俄国布尔什维克革命（十月革命）后不久，芬兰宣布独立。
1918年这个国家经历了一次短暂但却刻骨铭心的内战。第二次世界大战期间芬兰与苏联两度交手：1939～1940年的冬季战争（这场战争中瑞典向芬兰提供了部分协助）以及1941～1944年的继续战争（纳粹德国对芬兰提供了重要帮助）。
1944年～1945年间的拉普兰之战中，芬兰又将德国人赶出了芬兰北部地区。
1947年和1948年与苏联签署的多份条约规定了芬兰对苏联的义务与限制，芬兰也在1940年和约的基础上作出了更多的领土让步。1991年苏联解体后芬兰终于可以自己决定命运，并且在1995年加入欧盟。
2019年12月，芬兰社会民主danglingdao的五党联合政府宣布选定交通部长桑娜·马林（Sanna Marin ）为芬兰新总理。马林将成为芬兰历史上最年轻的总理。