1856年9月4日凌晨，陈承镕引韦、秦大军径入东王府，斩杀杨秀清及54王娘。
韦昌辉喜曰：“杨逆一死，乾坤已定。待天王诏告天下，我等便可兵戈入库，酣眠三日。石翼达开，只宜常驻安庆矣！”
陈承镕道：“吾已密禀，天王即刻昭告天下。”
韦、秦大军盘踞东王府竟日，不见洪秀全发诏。
是夜，东殿尚书傅学贤、吉文子集军四千，扎营峨嵋岭、虎贲仓，遥峙东王府。
韦昌辉道：“天王不语，与傅、吉血战难免。”
秦日纲道：“天王迟不发诏，是何心思？再迟，天京血流成河矣！”
陈承镕道：“天王斟酌语词，或许明日即发。”
韦昌辉叹道：“园中有树，其上有蝉，蝉高居悲鸣饮露，不知螳螂在其后；螳螂委身曲俯欲取蝉，不知黄雀于其旁；黄雀全神贯注于螳螂，却不知人已撒网。两位兄弟，天网恢恢，欲罩吾身。今夜先斩傅学贤、吉文子，鱼死网方破！”
韦昌辉等血战一夜，斩杀傅学贤全部，韦、秦之军亦损大半。
秦日纲道：“东殿余部多如过江之鲫，如此下去，不出两日，吾皆亡矣！”
韦昌辉道：“无毒不丈夫，天不下诏，吾即矫诏。以秀全名，宣我叛逆，枉杀东王；午时三刻，斩我于市。杨逆昭雪，其下必观，关门杀之！”
陈承镕道：“矫诏欺君，天王必怪；事成与否，我等皆无退路矣！”
韦昌辉道：“生死存亡，不敢多顾，我等兄弟齐心，先解燃眉之急。东殿人去府空，吾兄弟刀枪在握，天王亦当三思。”
秦日纲道：“别无旁道，仅此一途！干！”
天王诏诛北王，天京沸腾，东殿余部，纷至沓来，皆欲围观昌辉死状。午时三刻，东殿四门忽闭。一声炮响，矢弹齐放，四千东殿将士，毙于刀枪之下。
陈承镕放下屠刀，竖立拇指，媚对昌辉，啧啧称奇。
秦日纲道：“东殿余部万余老幼妇孺，该当何置？”
韦昌辉道：“昨死之人，皆其儿孙父子；这万余妇孺老幼，恨不得剥吾皮、食吾肉、吸吾髓，一不做二不休，斩草再除根！”
是夜，天京城里嘶哭震天，韦、秦、陈挥舞刀矛，将八千老幼妇孺，全皆杀死。
石达开闻讯，三骑入城，诘责韦、秦、陈滥杀无辜。
韦昌辉不忿，道：“出尔反尔，乃何居心？鹬蚌相争，谁人得利？吾侪无能，方致此步！”
石达开词穷，拂袖而去。
秦日纲道：“石达开兵逾三万，提军临城，我等危矣！”
韦昌辉恍然大悟，后悔不迭，道：“乍见石某，气贯脑际，这一恍惚，险误大事。速追石达开，杀之。”
韦、秦、陈兵至翼王府，搜遍犄角旮旯，独不见石达开。遂将石府一众老小，全皆杀光。
石达开悲恸万分，亲领两万大军，浩荡开来；兵停芜湖，上书天王：举兵靖难，杀韦、秦、陈三恶，以平民愤。
安徽宁国。朱凤魁一军已被邓绍良围困半载，闻石达开至，火速求援。达开分兵，攻克泾县、宣城。又令陈玉成兵出金坛，驰救宁国。
张遂谋道：“杨国宗万余大军，鏖战徽境，救否？”
石达开道：“非敌非友，任其死生。”
石达开兵至芜湖，浙江巡抚何桂清急疏：贼军久思占据皖南，窥伺江浙。现石贼已下宣、泾二县，各乡村贼势已蔓延百余里，思与宁郡之贼联为一党。邓绍良饬令各营伍，以五成扼守营盘，兼顾宁城攻剿，以五成迎击石逆。邓部兵不足五千，实属万分支拙。
咸丰帝谕令和春分兵援宁。和春以江南攻剿万紧，分兵一千，应援邓绍良。
陈玉成领石达开令，率兵八千，驰赴宁国，于团山、七里冈、夏家渡，一字排开，结营26座。
邓绍良亲赴督战，先攻团山、夏家渡，引玉成分兵，忽又集全力夜袭七里冈，玉成猝不及防，弃营而遁。
邓绍良再无顾虑，半月时间，九攻宁国。
陈玉成整军二至，于团山、妙葛山扎营10座。邓绍良不为所动，仅分少兵牵制，主力继攻宁国。是夜酋刻，宁国四门火起，朱凤魁疑细作入城，惊惶不迭，探报东门已破，凤魁斗志全无，再无心战，汇集余部，突围而去。
石达开兵临芜湖，洪秀全密召秦日纲、陈承镕，道：“杀东一人，杀其兄弟三人，原清、辅清而已。如此杀戮万余己之兄弟姐妹，天堂无二位位矣！”
秦日纲、陈承镕跪拜，道：“启禀天王，实乃迫不得已，全皆北王唆使。”
洪秀全道：“朝闻道，夕死足矣！悬崖勒马，亡羊补牢，为时不晚。”
秦、陈复跪，皆道：“任凭天王差遣，天王万岁万岁万万岁。”
秀洪全道：“翼王兵临芜湖，二位危矣！”
秦、陈再跪，齐道：“请天王相救！”
洪秀全道：“缚得韦逆昌辉，朕保二兄弟无恙。韦逆昌辉，天京城内，除你二人，别无友朋。日纲兄弟，听闻尔母寿诞将至；将功赎罪，绝好之机。”
1856年11月1日，秦母寿诞，秦日纲大宴宾客，韦昌辉来贺，被缚。
洪秀全谓昌辉道：“朕本无杀渠意，尔矫诏滥杀，天怒人怨，朕亦无奈耳！兵丁勿算，万余老幼妇孺，血漫秦淮，尸横大江，抵尔一命乎？“
昌辉直目斜睨，挺胸昂首，冲天一呸，道：“事至于此，无尔匹夫事乎？尔匹夫嗜人鲜血、贻误天国！尔乃最恶之人！畜生不如！复又叹：金田何其盛，吾产千万顷；六载空耗命，鼎食大钟鸣？天兄杀天兄，原来一场空！尘世万千怨，如梦亦如幻！“
韦昌辉被五马分尸，肢体切做方寸小块，暴晒城墙之上，旁有铭文：北奸肉，只可看，不可取。其首匣装，送至石达开处。达开观瞻确属，复又上书秀全：首恶必除，无辜勿殃；秦、陈不死，哀兵不息。
洪秀全无奈，斩杀秦日纲、陈承镕；含泪诰谕：东王蒙难，千古奇冤。韦逆昌辉，矫诏弑杀，罪该万死。
翌日，洪秀全再谕：爷遣东王来赎病，眼蒙耳聋口无声；天历三重识东王，降托东王是父皇；爷前下凡空中讲，爷今圣旨降托杨。谢爷托降赎病主，乃埋世人转天堂。七月念七东升节，天国代代莫相忘。
11月下旬，石达开奉诏回京。
洪秀全一见达开，泪眼婆娑，道：“翼兄至，天国有望矣。朕无能，眼见天兄阖家老小被屠，竟无力阻，悲矣怆矣！韦逆部属、亲朋，无论老幼妇孺，朕已圈定，任凭兄治。”
达开叹道：“举兵靖难，只惩首恶，不咎部属、亲朋，况老幼妇孺乎！经此巨变，天国上下，人人自危。天王亟需下诏安抚，收服民意；敛兵收戈，平复民心。各地将士，务必谨守驻地，切勿轻出，以为妖所乘。向妖已死，江南无虑。天京此变，伤筋动骨，再令陈仕章、涂镇兴、石镇吉回京护驾，李世贤兵援芜湖。吾镇江兵厚、瓜州军强，句容、溧水，区区小县，一周胜富足矣。”
洪水秀全道：“前时皖北告急，朕已令李秀成驰援无为、桐城。经此巨变，天国已危如垒卵。秀清阴鸷，昌辉暴戾，王兄早至两月，何有这等干戈！今后，朕之天国，即兄之天堂！”