其年冬十月丁巳朔辛酉天皇亲自率军东征，至速吸之门有一乘艇而至的渔夫名曰珍彦，替天皇做前导开路，故赐名椎根津彦(乃倭直部始祖)。大军耗时半年途经筑紫国菟狭(今大分县宇佐市)，菟狭国造祖菟狭津彦((日文)ウサツヒコ)和菟狭津媛((日文)ウサツヒメ)立一柱腾宫并设宴款待。后者后来下嫁侍臣天种子命，而天种子命乃中臣氏之远祖。十一月抵筑紫国冈水门，十二月至安艺(今广岛县)，居于埃宫。乙卯年春三月徙入吉备国(今冈山县)，起高岛宫，全军养精蓄锐三年。接着大军继续向东，经浪速国、河内国草香邑青云白肩之津(今大阪府东部)后，于孔舍卫坂遭遇土豪长髓彦顽强抵抗，长兄五濑命遭流箭伤及肱胫。神武天皇意识到身为日神子孙，向太阳升起的东方征虏乃逆天道，遂令全军后退，并绕道纪伊(今和歌山县)前进。途中五濑命因箭伤身亡，葬于纪伊灶山。
全军自熊野渡海时突遇暴风雨，二兄稻饭命、三兄三毛入野命跃入海中，以求全军船舰平安。至熊野荒坂津登岸时，误杀平民百姓而遭天谴，全军因毒气动弹不得。幸亏武瓮雷神赐予韴灵剑，中毒士卒悉复苏醒。全军前往中洲时，在山中迷路，天照大神派遣八咫乌做向导，引领全军抵菟田县，并收大伴氏始祖日臣命、井光、磐排别之子、苞苴担之子等人为臣;接着斩兄滑、击八十枭帅于国见丘、降弟矶城、斩兄矶城等人。
后来神武天皇军与长髓彦军大战却无法取胜，战况陷入泥淖之际飞来一只金色灵鸱停于神武天皇之弓弭，其耀眼光芒令长髓彦军士卒迷眩无法再战。为报五濑命箭伤身亡之仇，神武天皇军队穷追不舍，长髓彦派人前来解释原委。原来其妹婿饶速日命乘天磐船自天降，为天神之子，而神武天皇亦自称天神之子，他不相信天神子有两个。
神武天皇则质疑饶速日命若为天神之子，应有代表物，于是长髓彦出示饶速日命佩带的天羽羽矢及步鞬。饶速日命清楚长髓彦仍对神武天皇怀有敌意，乃杀之，并率部众归顺神武天皇。最后神武天皇总算在大和定居下来，但四周仍有不肯降伏的土蜘蛛势力，经过六年的征讨始定。接着在亩傍山东南方兴建橿原宫，并纳事代主神与玉栉媛所生之女媛蹈鞴五十铃媛命((日文)为正妃，后尊为皇后，生皇子神八井命、神渟名川耳尊(后来即位为绥靖天皇)。
根据《古事记》与《日本书纪》(简称“记纪“)记载，天照大神之孙琼琼杵尊下凡于九洲日向的高千穗山峰，与木花开耶姬生了火降芹命、火明命和彦火火出见尊。其中彦火火出见尊娶海神之女丰玉姬，生了鸬鹚草葺不合命，然后鸬鹚草葺不合命又与玉依姬命生了五濑命、稻冰命、御毛沼命、若御毛沼命，其中若御毛沼命即日后的神日本磐余彦。
圣德太子曾借道教辛酉年之说，编排了“皇纪“。推古九年正好是辛酉年，也是圣德太子在斑鸠宫推行改革的年份。辛酉年每60年出现一次，亦称一轮。按道皇居二重桥教的说法，每一轮辛酉年是发生变革之年。而第21轮的辛酉年则是发生彻底的大变革之年。于是，圣德太子以推古九年(601年)为起点再往上推第21轮的辛酉年为日本建国之年。规定该年的阴历一月一日为神武天皇登极之日(阳历为2月21日)。按照这种推算法，公元1990年是皇纪2649年。
人物生平
神武东征
根据记载，神武十五岁立为太子，并娶吾平津媛为妻。45岁时与诸皇兄、子商讨东征之事，该年(甲寅年)十月即横渡濑户内海，意图征服东土。历经半年的旅程，途中经筑紫、安艺、吉备等地，终于在河内国登岸。
这时大和国的土豪长髓彦因恐惧皇子入侵，遂于孔舍卫阪率兵迎战。激烈的战事中，神武天皇领悟到身为太阳神之后裔，不应朝向东边(太阳自东方升起)征讨，于是向后撤军，改经纪伊绕道进军。途中五濑命因前次战役中箭受伤，不久伤重身亡。之后在海上遇到暴风雨，他的兄长稻饭命和御毛沼命以身殉海以求平安，仅剩神武天皇与其子手研耳命继续率军前进。最后在熊野的荒阪津登陆，却因误杀邻近居民而遭神惩罚，全军中毒而不得前进，幸赖武瓮雷神赐韴灵剑始能行军。之后又在前往中洲的山中迷路，此时有八咫乌指引，方抵达目的地。
建立大和
再度进军大和的路途上，磐余彦依靠椎根津彦等重臣之力，先后收了大伴氏之祖日臣命等人为臣，并击破吉野首部之祖井光、八十枭帅、县主之祖兄矶城等势力。终于，在撤兵半年后，再度遭遇到长随彦。交战之初，磐余彦尊连战却无法取胜，可战到一半突然天色大变，随之于磐余彦尊弓上停著一金乌。由于金乌的光芒刺眼，长随彦军无法张眼迎战敌人，于是磐余彦尊军大胜。为报杀兄之仇，获胜的磐余彦尊军穷追猛打，不放过任何打击敌军的机会，因此逼的长随彦与磐余彦会面，并说出不投降的真相:原来其妹婿饶速日命也是天之孙，而天孙不该为两种，故其怀疑磐余彦尊的神性。
但和饶速日命见面之后，透过信物的交换，两人皆彼此认定对方为天神之孙，但饶速日命怪长随彦之凶残不改，将其杀死，并追随磐余彦。至此，磐余彦正式定居于大和。可此时大和四周仍由称为土蜘蛛的土著势力把持。经过六年的东征西讨，方平定各方势力，始建立起大和朝廷。